Soltanto nel 1702, con l’editto di Filippo V in data 13 maggio, i fuggiaschi poterono rientrare dall’esilio e furono reintegrati nelle loro facoltà e nei loro beni. Fecero così ritorno a Messina le famiglie, Alibrandi, Avarna, Balsamo, Bavastrelli, Brigandì, Calabrò, Celi, Cicala, Crisafi, Coppolino, De Gregorio, Faraone, Fenga, Furnari, Galletta, Goto, Grasso, Greco, Laganà, Lazzaro, Majorana, Marchese, Marullo, Mazzeo, Mazzisi, Moleti, Mirone, Patti, Pellegrino, Porzio, Pozzinga, Reitano, Romeo, Saccano, Sergi, Sollima, Spadafora, Stagno, Trovato, Viperano, Zahami, Zuccarato, Zuccari, la marchesa di S. Teodoro, la marchesa di Gallodoro, e moltissime famiglie di popolani.
Molti personaggi insigni furono costretti a lasciare la città natia, e si fecero apprezzare nei luoghi dove trovarono rifugio. Ricordiamo Alberto Tuccari, poeta e soldato valorosissimo, il quale sotto le insegne di Venezia si distinse nella battaglia del Peleponneso. Antonio Crisafi, nominato marchese dai francesi, al quale fu affidato il supremo comando delle forze in Canada. Antonio Moleti, poeta e oratore che a Roma fu accolto nell’Accademia del Cardinale Ottoboni. Agostino Scilla, pittore e scrittore. Diego Zirilli, che divenne professore di Medicina all’Università di Firenze. Domenico Quartarone, che fu professore di Matematica nell’Università di Roma. Villamici, che fu ingegnere nell’Arsenale di Marsiglia. Andrea Marchese, dotto nella nautica e nelle arti della guerra che fu socio all’Accademia delle Scienze di Parigi ed ufficiale nei gradi più elevati della flotta francese. Cesare Marchese, che in Francia ebbe il comando di un reggimento di cavalleria e morì da prode con il figlio Giuseppe e il nipote Salvatore nella guerra delle Fiandre..
Nel 1713 la Sicilia in seguito al trattato di Utrecht fu assegnata a Vittorio Amedeo duca di Savoia che assunse il titolo di Re di Sicilia. Egli sotto questa veste si recò a Palermo dove ordinò il censimento della popolazione che risultò essere di 1.123.163 cittadini per l’intera isola e di 40.393 anime per la città di Messina esclusi gli ecclesiastici e i villaggi. Vittorio Amedeo risollevò il commercio della città, ripristinò l’antica istituzione del Senato e ripartì alla volta del Piemonte nell’agosto del 1714 lasciando a governatore di Messina il conte Vianisi.
Nel 1718 gli spagnoli con un colpo di mano rioccuparono la Sicilia e Messina cadde ancora una volta sotto il potere aragonese. Fortunatamente quasi subito scoppiò la guerra tra la Spagna e l’Austria e quest’ultima occupò la Sicilia. Il 9 agosto 1719 gli Austriaci entrarono in Messina senza alcuna opposizione. Il Senato e i cittadini erano ormai scettici verso tutti gli invasori dopo l’esperienza del 1678, tuttavia la cacciata degli spagnoli fu accolta con gioia. Lo scetticismo dei messinesi era giusto poiché gli austriaci non si dimostrarono diversi dagli spagnoli: entrambi oppressori. Tutti i privilegi concessi da Vittorio Amedeo furono dichiarati nulli.
Anche questa dominazione fu breve in quanto nell’agosto dell’anno 1734 Carlo Borbone, duca di Parma, mandò in Sicilia un forte esercito che quasi senza combattere cacciò gli austriaci e si fece proclamare Re con il nome di Carlo III. Da lui comincia l’ultimo e più nefasto periodo della servitù di Messina sotto lo straniero prima dell’unificazione d’Italia.
Durante questo periodo Messina fu colpita da una delle più disastrose calamità naturali: la Peste del 1743. Il 20 marzo di quell’anno entrava nel porto un veliero genovese al comando di Iacopo Bozzo, il quale dichiarò di essere proveniente da Missolungi. Dichiarava inoltre che durante la traversata era morto a bordo, di morte naturale, uno dei suoi uomini e perciò la nave fu messa in quarantena. Poco dopo si ammalò e morì un altro marinaio solo allora si scoprì che la causa di quei decessi era dovuta alla peste bubbonica.
Ben presto l’epidemia si estese all’intera città. Sopra una popolazione di 62.775 unità i morti furono 51.259, gli scampati furono 11.496 cioè più dell’80%. Dei villaggi rimase immune solo Altolia a qualche paese vicino, negli altri i morti furono 10.659 sopra una popolazione di 19.671 unità, cioè poco più del 50%. La durata del morbo fu di tre mesi, la mortalità maggiore si verificò il 15 giugno e soltanto dall’8 settembre in poi il contagio cominciò a regredire.
Durante gli anni 1806-1814 in cui sul trono di Napoli regnò Giacchino Murat, Ferdinando di Borbone rimase rifugiato in Sicilia e la corte borbonica stava sempre attenta e impaurita benché fosse protetta dall’esercito inglese. La notte del 18 settembre 1810 Murat cercò di invadere la Sicilia, ma le truppe inglesi e sicilia ne avanzarono minacciose dopo essere partite da Messina. Il 9 luglio 1820 il presidio di Messina, composto soprattutto da carbonari, chiese al Re Ferdinando I la Costituzione e poiché questa non veniva promulgata il popolo si sollevò e alla fine per evitare più pericolose lotte, la costituzione fu dapprima accordata per poi essere revocata l’anno successivo. Nel mese di febbraio del 1822 una corte marziale fu istituita a Messina per giudicare i rei di cospirazione contro la sicurezza dello Stato.
