L’assunzione di Pio IX al pontificato aveva resi più arditi i patrioti italiani e faceva sperare in tempi migliori. Da un accordo tra liberali di Sicilia e Calabria nell’agosto del 1847 si stabilì che una rivolta doveva scoppiare simultaneamente a Messina e Reggio. La data fu fissata per il 2 settembre. Gli avvenimenti però precipitarono e i rivoltosi mossero il 1 settembre 1847 da più punti della città al grido di Viva l’Italia sventolando il vessillo tricolore. Gli attacchi furono brevi e violenti. L’ eroismo degli insorti ben presto fu represso dalle forze borboniche meglio organizzate.
Da Messina partì un tentativo di insurrezione sotto il quale rimase più tardi schiacciata la tracotanza borbonica.
Messina dunque il 1 settembre aveva segnato la data della rivoluzione siciliana. Anche Palermo il 29 gennaio 1848 si unì all'insurrezione.
Messina era considerata la chiave dell’isola, per cui le cure del governo si rivolsero ad essa e il 25 gennaio il generale borbonico Nunziante per sedare l’agitazione faceva schierare sulla Via Ferdinandea, oggi Via 1° Settembre, tutta la fanteria e l’artiglieria reale. Ma vista la risolutezza dei messinesi a fronteggiare e tenere testa al nemico il generale ordinò la ritirata. IL 28 fu costituito un comitato rivoluzionario. La mattina del 29 un gran numero di cittadini scesero in piazza armati e fecero sventolare la bandiera tricolore. Il combattimento a Messina durò molti giorni a favore degli insorti. Mentre a Messina la guerra continuava a Palermo fu costituito il Governo alla cui testa veniva messo il patriota Ruggero Settimo.
Per l’eroismo dimostrato Messina suscitava le simpatie e l’ammirazione dell’intera Sicilia. Il 31 marzo i rappresentanti della città: Giuseppe Natoli e Giuseppe La Farina presentavano alla Camera dei Comuni una mozione perché fosse restituito a Messina il Porto Franco tolto con la frode nel 1784 dal governo che si combatteva e che la bombardava. La richiesta fu approvata con voto unanime.
I Borbonici il 3 settembre della Cittadella bombardarono Messina per otto mesi. In quelle fasi di lotta si distinsero dei giovani volontari detti Camiciotti che dopo avere combattuto corpo a corpo con i soldati, preferì uccidersi lanciandosi nel pozzo del convento della Maddalena. Lo seguirono Antonino Bagnato, Carmelo Bombara, Giuseppe Piamente, Giovanni Sollima, Diego Mauceli, Pasquale Danisi, Nicola Ruggeri, Antonio Lanzetta, che per le sue azioni di eroismo fu dichiarato benemerito della Patria e gli fu dato il grado di capitano d’artiglieria.
Messina cadeva l’8 settembre 1848 dopo 5 giornate di disperata difesa e di sforzi sovrumani.
Il 20 agosto del 1854 si sparse la notizia che due persone erano morte di colera in modo fulmineo. Nei due giorni seguenti molti altri casi furono denunziati al Municipio. Non c’era più alcun dubbio: il terribile flagello aveva invaso la città. Gli storici non sono concordi sul numero dei morti, c’è chi dice siano stati 15.000 altri parlano di 20.000, ma l’analista Gaetano Oliva parla di non meno di 30.000 morti. Dopo il 31 agosto il contagio cominciò ad attenuarsi fino alla fine di settembre, mese in cui il morbo scomparve completamente.
