La fortezza non fu realizzata tuttavia solo per motivi difensivi, infatti la cittadella doveva controllare la città con le proprie artiglierie ed alloggiare una forte guarnigione in una posizione facilmente difendibile.
Il progetto della Real Cittadella fu realizzato dall'ingegnere Carlos de Grunenbergh, esperto di fortificazioni, che lavorò in Sicilia per circa vent'anni verso la fine del XVII secolo.
La fortezza si affacciava sia verso il mare aperto che verso il porto, ed era isolata con un fossato verso l'entroterra, mentre la punta della penisola era presidiata dal cinquecentesco Forte del Santissimo Salvatore.
La fortezza fu protagonista in episodi bellici ed attacchi durante i secoli successivi, ma non fu mai espugnata, arrendendosi solo dopo lunghi assedi per mancanza di rifornimenti durante la spedizione dei Mille, quando la cittadella cadde il 12 marzo 1861.
A partire dall'unificazione Italiana è stata pesantemente danneggiata dai lavori portuali ed alcune cortine e bastioni sul lato interno sono stati totalmente demoliti. L'ingresso alla Cittadella avvenive attraversando una porta monumentale detta Porta Grazia, dall'esuberante decorazione lapidea opera di Domenico Biondo. In seguito, precisamente nel 1961, fu smontata e rimontata a Piazza Casa Pia.
La struttura difensiva fortificata ha una forma stellare (pentagonale) con cinque bastioni angolari, tipica dell'evoluzione seicentesca della fortificazione alla moderna. La struttura difensiva era poi completata da rivellini ed altre numerose opere esterne.
La fortezza versava in stato di abbandono sino a qualche anno fa, ma grazie all'impegno della Marina Militare e dei Messinesi, oggi dopo un restauro può essere visitata.
Alcuni video sulla storica Real Cittadella di Messina...